Introducción

Todos los virus, incluido el SARS-CoV-2 que causa la COVID-19, sufren mutaciones con el paso del tiempo. La mayoría de los cambios tienen poco o ningún impacto en las propiedades del virus. Sin embargo, algunos cambios pueden afectar su comportamiento, como la facilidad con que se propaga, la gravedad de la enfermedad asociada o la respuesta a las vacunas, tratamientos terapéuticos, herramientas de diagnóstico u otras medidas sociales y de salud pública.

La OMS, en colaboración con socios, redes de expertos, autoridades nacionales, instituciones e investigadores, han estado monitoreando y evaluando la evolución del SARS-CoV-2 desde enero de 2020.

A fines de 2020, surgieron variantes (Conjunto de mutaciones que vuelven al virus lo suficientemente diferente del original) de SARS-CoV-2 que plantean un mayor riesgo para la salud pública mundial.  Este hecho impulsó la caracterización de Variantes de Interés (VOI) y Variantes de Preocupación (VOC) específicas, con el fin de priorizar el monitoreo y la investigación global y, en última instancia, para informar la respuesta en curso a la pandemia de la COVID-19.

Variantes de preocupación (VOC)

• Aumento de la transmisibilidad de SARS-CoV-2.
• Aumento de la virulencia o cambio en la presentación clínica de la enfermedad.
• Disminución de la eficacia de las medidas sociales y de salud pública o de los diagnósticos, vacunas y terapias disponibles.

Variantes de Interés (VOI)

• Cambios genéticos que se predice o se sabe pudieran afectar las características del virus, tales como transmisibilidad, gravedad de la enfermedad, escape inmunológico, escape diagnóstico o terapéutico.
• Presentan un comportamiento fuera del esperado. Su tasa de propagación es creciente y pueden surgir súbitamente o presentar una prevalencia e incidencia muy alta en un periodo de tiempo.
• Con el paso del tiempo, las variantes de interés se pueden convertir en variantes de preocupación si se confirma o demuestra alguna de las características de dicha categoría.

https://www.who.int/en/activities/tracking-SARS-CoV-2-variants/

Una de las principales acciones desde el inicio de la pandemia fue la de tener una  base de datos de genomas secuenciados de SARS-CoV-2 y sus variantes para dar una vigilancia epidemiológica oportuna a nivel global. Una de las principales y que ha cobrado gran relevancia es GISAID.

El proyecto GISAID es una iniciativa de ciencia global y la fuente primaria establecida en 2008 que proporciona acceso abierto a datos genómicos del virus influenza y el coronavirus responsable de la pandemia de COVID-19. Desde el 10 de enero de 2020, estuvieron disponibles las primeras secuencias del genoma completo de SARS-CoV-2 en GISAID, que habilitó respuestas globales a la pandemia, incluyendo el desarrollo de las primeras vacunas y pruebas de diagnóstico para detectar SARS-CoV-2. GISAID facilita la epidemiología genómica y la vigilancia de tiempo real para controlar la aparición de nuevas cepas virales COVID-19 en todo el planeta https://www.gisaid.org/

En Laboratorio Genolife, nos dimos a la tarea de contribuir con la secuenciación de SARS-CoV-2, con el fin de tener un mejor panorama epidemiológico en lo que respecta a la ciudad de Hermosillo, Sonora y conocer las variantes que actualmente se encuentran presentes.

Todas las muestras utilizadas en este estudio fueron recolectadas en Hermosillo, Sonora en nuestras instalaciones ubicadas en Blvd. Paseo Río Sonora No 67, Colonia Proyecto Rio Sonora, C.P. 83270. Las muestras fueron recolectadas a través de hisopos oro- y nasofaríngeos. A todas las muestras se les extrajo ARN total y se procesaron para mostrar amplificación con tres sondas TaqMan para los genes R, E y un gen humano como control de la muestra (RNase), en un equipo termociclador en tiempo real QuantStudio 3.

Se analizaron 21 muestras de pacientes particulares, hombres y mujeres de entre 25 a 45 años de edad. Las muestras se tomaron entre los días 30 de mayo al 10 de julio, fueron analizadas mediante RT-qPCR  y reportadas como muestras positivas a SARS-CoV-2 con un valor de CT menor de 25, lo que indica una alta carga viral (mayor de 2,500 copias virales).

Las muestras seleccionadas fueron secuenciadas en la plataforma Illumina MiSeq utilizando el kit de alto rendimiento de 300 ciclos (v2) para obtener lecturas pareadas de 150 pb. (MS-102-2002MiSeq -V2 Standard kit).

Análisis bioinformático.

Tras finalizar la secuenciación, se realizó el análisis de calidad de las lecturas con el software FastQC así como también el software DRAGEN FastQC + MultiQC que se encuentran en la plataforma de BaseSpace de Illumina. Para el análisis filogenético y clados de las variantes del virus se utilizó el software DRAGEN COVID Lineage, el cual hace uso del análisis y base de datos de Pangolin y NextClade utilizando como referencia el genoma original del SARS-CoV-2 (nc_045512).

Las secuencias obtenidas de SARS-CoV-2 a través de este estudio se pueden encontrar en el portal de GISAID (https://www.epicov.org) como se muestra en la Figura 2.

Las secuencias obtenidas de SARS-CoV-2 a través de este estudio se pueden encontrar en el portal de GISAID

(https://www.epicov.org)

Se realizó la secuenciación completa del genoma del SARS-CoV-2 de muestras colectadas de pacientes en Hermosillo, Sonora, de las cuales se lograron identificar 20 variantes del virus. Las variantes de preocupación identificadas fueron la Gamma y Alfa, dichas muestras no eran de pacientes con algún parentesco, por lo que es posible que actualmente tengamos un contagio comunitario de estas variantes (Figura 3). La variante Gamma conocida como P.1 o Brasileña se ha considerado como una de las más contagiosas con relación al contagio que se mostraba con el virus que originó la pandemia.

Por otro parte, la variante Delta ha mostrado ser de relevancia en las últimas semanas, ya que como podemos observar en la Figura 5 que muestra gráficamente la prevalencia de las variantes en diferentes partes del mundo, se hace evidente cómo dicha variante comienza a dominar el prevalencia en comparación a las demás variantes. Gracias a este tipo de información podemos resaltar algunos puntos a considerar:

https://covariants.org/per-country

La vigilancia epidemiológica es elemental para tener conocimiento sobre el comportamiento de SARS-Cov-2 en cada comunidad. Conocer a tiempo el surgimiento o la migración de las variantes nos ayuda a mejorar la toma de decisiones y las estrategias a implementar de manera más personalizada.

El caso más reciente es el de la variante Delta (B.1.617.2) que por el momento es la variante con mayor relevancia por su alta tasa de infectividad y la gravedad de sus incidencias.

Actualmente en la Ciudad de México, 6 de cada 10 contagios por COVID-19 son de la variante Delta, convirtiéndose en la cepa predominante, ya que ha desplazando a las variantes mexicanas y otras de interés como lo son la Gamma y Alfa, pues se ha mostrado una disminución en su prevalencia en los casos actuales. Las estimaciones sugieren que alrededor del 60-65% de todos los casos positivos son de dicha variante.

De acuerdo con la información obtenida en Genolife a través de las muestras secuenciadas, podemos mencionar que las variantes Alfa y Gamma tienen presencia en Hermosillo, Sonora. Sin embargo, Secretaría de Salud sólo ha reportado la presencia de la variante Delta en el estado, de tal manera que estamos en un tiempo oportuno para reforzar las medidas de seguridad y estar preparados antes de que se propague en la mayoría de la población Sonorense.

Por último, uno de los temas que va de la mano con las variantes es sobre la aplicación de las vacunas en México. Estas han demostrado ser una buena medida de protección. Es importante conocer que las vacunas no mitigan el riesgo de padecer la enfermedad, sino que solamente disminuyen la probabilidad de presentar síntomas severos. Gran parte de la población aún no comprende esta diferencia, por lo que es indispensable el tomar acción en la vacunación y no abandonar las medidas de seguridad para evitar la propagación del virus, ya que no es necesario un confinamiento estricto si somos activos en el ejercicio de la sana distancia, uso de cubrebocas y reducción de contacto físico de persona a persona.

Vigilancia epidemiológica de variantes del SARS-CoV-2 en Sonora por laboratorio privado Genolife